高溫蒸汽滅菌處理工藝是公認的最可靠的濕熱滅菌法。由于蒸汽比熱大，穿透力強，同時其冷凝時釋放出大量的潛熱，更容易使蛋白變性。在 134℃以上、滅菌室內壓力(表壓)在 220KPa  以上、相應滅菌時間 4Smin以上時，能使微生物（包括醫療衛生行業標準的耐熱生物指示劑——嗜熱脂肪桿菌芽抱以及公認的最難滅活的瘋牛病朊毒體 1）的滅活水平達到較高的值，高溫蒸汽滅菌處理系統的設計是以最難殺死的瘋牛病朊毒體為假想對象完成的。高溫蒸汽滅菌對微生物滅活率大于 99.99%。

其  中高溫滅菌系統的裝載和出料均由裝有醫療廢物的小車由自動上料系統輸送，小車內壁用特制的特氟龍涂層作為襯墊，確保內壁與醫療廢物不直接接觸。高溫滅菌的各控制階段均采用自動控制系統。因此在采取高溫蒸汽滅菌后， 醫療廢物中的致病感染細菌絕大部分能夠被殺死，對外環境的致病影響有限。